Los intereses de investigación de Brandon Monier se centran en la bioinformática, el desarrollo de software y la educación. Actualmente trabaja en el Buckler Lab de la Universidad de Cornell en métodos para ensamblar y anotar de forma eficiente varios cientos de hierbas silvestres emparentadas con el maíz y sorgo a través del Proyecto PanAnd. Monier también es el creador y encargado de mantener varios paquetes de R y aplicaciones web, como rTASSELun front-end de R para TASSEL.
Antes de llegar a Cornell, su investigación se centró en los enfoques bioinformáticos de las interacciones microbianas en las materias primas lignocelulósicas de nueva generación y su impacto en el desarrollo de la biomasa. Además, ha estudiado la variación citotípica y ha establecido herramientas para los análisis funcionales posteriores de genómica en la hierba de las praderas, un potencial biocombustible de próxima generación.
El papel de Monier en el equipo degenómica en el ILCI incluye el trabajo con los Centros de Innovación para desarrollar tuberías analíticas genómicas que se utilizarán con la computación en la nube, y la mejora de TASSEL para trabajar con los fitomejoradores en toda la red del ILCI.