Les intérêts de recherche de Brandon Monier portent sur la bioinformatique, le développement de logiciels et l'éducation. Actuellement basé au Buckler Lab de l'Université Cornell, il travaille sur des méthodes permettant d'assembler et d'annoter efficacement plusieurs centaines d'herbes sauvages apparentées au maïs et à sorgho par le biais du projet PanAnd. Monier est également le créateur et le mainteneur de plusieurs paquets R et d'applications web, notamment rTASSELun frontal R pour TASSEL.

Avant de venir à Cornell, ses recherches portaient sur les approches bioinformatiques des interactions microbiennes dans les matières premières lignocellulosiques de prochaine génération et leur impact sur le développement de la biomasse. En outre, il a étudié la variation cytotypique et établi des outils pour les analyses fonctionnelles en aval génomique dans la cordulie des prairies, un biocarburant potentiel de prochaine génération.

Le rôle de M. Monier au sein de l'équipegénomique de l'ILCI consiste notamment à travailler avec les centres d'innovation pour développer des pipelines d'analyse génomique à utiliser avec l'informatique en nuage, et à améliorer TASSEL pour qu'il fonctionne avec sélectionneurs dans l'ensemble du réseau de l'ILCI.