Un nouveau programme d'étiquetage des parcelles soutient sélectionneurs dans les pays du Sud

sélection végétale est un jeu de chiffres : pour développer rapidement les variétés de cultures nécessaires face à l'évolution rapide des conditions climatiques, sélectionneurs doit examiner des milliers de plantes chaque année. Désormais, un nouveau programme gratuit qui crée des étiquettes QR pour les parcelles de terrain aidera sélectionneurs dans les pays à faible revenu à développer des variétés de cultures plus rapidement et plus efficacement, tout en supprimant les obstacles à l'accès entre les scientifiques disposant de ressources plus importantes et ceux disposant de ressources plus modestes. Cette initiative, qui vise à renforcer les capacités agricoles et le site sécurité alimentaire dans le monde entier, est soutenue par l'initiative "Feed the Future" (ILCI). Laboratoire d'Innovation pour l'Amélioration des Cultures (ILCI).

Le programme, qrlabelrest une application libre et conviviale qui permet de concevoir facilement des étiquettes de tracé lisibles à la fois par l'homme et par l'ordinateur. Il a été publié le 13 octobre sur le Comprehensive R Archive Network (CRAN), un dépôt central et mondial de logiciels créés dans le langage de programmation R. Il aidera à suivre chaque plantation lors d'une expérience, qui peut durer plusieurs années. Il aidera sélectionneurs à suivre chaque plantation dans le cadre d'une expérience, qui peut porter sur des centaines ou des milliers de plantes. Son développement a été dirigé par Alex Kenamaître de conférences au département des cultures et des sciences du sol de l'université Kwame Nkrumah des sciences et technologies de Kumasi, au Ghana. Kena est également chercheur au sein du découverte des caractères groupe au sein de l'ILCI, et il a passé l'année et demie dernière à travailler à l'Université d'État du Colorado (CSU) pour développer des solutions pour sélectionneurs dans les pays du Sud.

Pour découvrir de nouvelles caractéristiques végétales, telles que la tolérance à la sécheresse ou la résistance aux maladies, les scientifiques étudient à la fois la génétique des plantes et leur phénologie - la manière dont les gènes sont effectivement exprimés dans les plantes en croissance. Le site moderne phénologie exige la collecte et l'analyse de grandes quantités de données, ce qui nécessite à son tour l'utilisation de comunicación et la tenue d'archives.

"Lorsque j'ai rejoint l'ILCI, j'ai vu que mes collègues aux États-Unis disposaient d'un ordinateur de laboratoire avec un programme que tout le monde pouvait utiliser pour étiqueter leurs essais sur le terrain", a déclaré Kena. "Je venais d'un programme du Ghana qui manquait de ressources, et j'ai tout de suite compris que je n'avais pas accès à ce type de technologie, en raison de son coût.

Exemples d'étiquettes provenant de l'application qrlabelr sur le terrain.

Dans le cadre de son travail en Tanzanie et au Sénégal, Kena a constaté que sélectionneurs utilisait encore des étiquettes de parcelles écrites à la main, qui n'étaient pas lisibles à la machine ou compatibles avec des outils tels que le Field Bookune application gratuite conçue pour aider sélectionneurs à prendre des notes plus claires et plus précises sur le terrain. Kena a réalisé que l'absence d'un programme gratuit d'étiquetage des parcelles empêchait les scientifiques des pays à faible revenu de profiter d'autres ressources gratuites qui accéléreraient le développement de nouvelles variétés plus performantes.

"Le travail d'Alex montre l'énorme potentiel des logiciels libres construits par des scientifiques de pays en développement, pour des scientifiques de pays en développement", a déclaré le directeur général de l'Agence européenne pour la sécurité et la santé au travail (ESA). Geoffrey Morrischef de l'équipe ILCI pour le groupe découverte des caractères et professeur agrégé de culture quantitative génomique à la CSU.

Au départ, Kena avait l'intention de faire de qrlabelr une application basée sur le web, mais il s'est ensuite rendu compte que les mauvaises connexions internet sur le terrain pouvaient créer un autre obstacle à l'accès. Au lieu de cela, Kena et son équipe ont développé le programme comme un paquetage R qui peut être entièrement installé sur l'appareil de l'utilisateur, avec des données téléchargées lorsque la connexion est disponible. Il existe environ 20 000 packages R de ce type disponibles sur CRAN, y compris d'autres étiqueteurs QR, mais celui-ci est le premier conçu pour les chercheurs agricoles. Le programme crée des étiquettes prêtes à imprimer, comportant à la fois des codes QR et du texte traditionnel, avec des informations telles que les coordonnées spatiales, la date de l'expérience, le nom et le lieu exact de plantation. Les meilleures pratiques en matière de gestion des expériences, telles que la création d'identifiants uniques informatifs et reproductibles pour les parcelles, sont intégrées.

"J'espère que les enseignements que nous avons tirés de cette expérience pourront être appliqués à d'autres programmes afin de répondre à d'autres défis et besoins auxquels sont confrontés les programmes sous-financés", a déclaré Mme Kena.

Les autres contributeurs au paquet qrlabelr sont : Ebenezer Ogoe, ancien étudiant de Kena à l'université Kwame Nkrumah ; Clara Cruet-BurgosClara Cruet-Burgos, co-gestionnaire de programme du groupe découverte des caractères de l'ILCI et associée postdoctorale à la CSU ; et Rubi Raymundochercheur au laboratoire d'adaptation des cultures de la CSU.

Cet article a été rendu possible grâce au soutien généreux du peuple américain par l'intermédiaire de l'Agence des États-Unis pour le développement international (USAID). Son contenu relève de la responsabilité de Feed the Future Laboratoire d'Innovation pour l'Amélioration des Cultures et ne reflète pas nécessairement les opinions de l'USAID ou du gouvernement des États-Unis.