Instituts nationaux de recherche agricole
Université Quisqueya et Institut Sénégalais de Recherches Agricoles (ISRA), Instituto Nacional de Innovación y Transferencia en Tecnología Agropecuaria (INTA)
Cultures ciblées
Sorgho
domaine cible
Génomique
Localisation
Sénégal, Costa Rica
Durée du projet
2022-2023
L'analyse, la traduction et l'application du big data sont cruciales pour l'avancement de amélioration des cultures afin de réaliser les gains génétiques nécessaires pour atteindre les objectifs économiques, de résilience et de nutrition de la stratégie mondiale sécurité alimentaire . Malgré cela, les applications développées spécifiquement pour les utilisateurs finaux des INRA afin d'incorporer génomique dans les filières de sélection ont été limitées. De nombreux INRA sont limités par la capacité de traitement des données, ce qui peut être surmonté par l'utilisation d'applications basées sur des serveurs, et par la formation aux compétences bioinformatiques nécessaires pour analyser et appliquer les données résultant des nouvelles plateformes de génotypage.
Dans ce projet, des chercheurs en début de carrière du CACCIA (Costa Rica) et du CIWA (Sénégal) travaillent aux côtés des développeurs de logiciels de l'ILCI basés à l'Université Cornell pour créer une version actualisée, basée sur un serveur, compatible avec BrAPI et basée sur R de TASSEL (TASSEL 6, rTASSEL) qui incorpore des données sur l'activité génique des allèles. Ces chercheurs deviendront des utilisateurs compétents de R tout en guidant les programmeurs du CICIA vers les formes de développement d'applications nécessaires à leurs programmes. Ce faisant, le CACCIA et le CIWA sont à l'avant-garde de l'innovation en matière de recherche, de technologie et de développement de logiciels qui stimuleront la productivité et la transformation de l'agriculture dans leurs propres pays. L'approche a le double objectif de développer des applications efficaces et applicables basées sur le serveur et R, tout en formant des scientifiques en début de carrière et en établissant une grande capacité de traitement des données au CACCIA et au CIWA.
Les objectifs du projet sont les suivants :
- Évaluer l'activité des allèles géniques dans le contexte de la découverte et de la sélection pour améliorer la prédiction génomique.
- Développer des outils basés sur serveur pour la bioinformatique appliquée dans les programmes de sélection des INRA, y compris une version actualisée de TASSEL (TASSEL 6) compatible avec les données BrAPI et RStudio.
- Former les scientifiques en début de carrière du CACCIA et du CIWA à la bioinformatique pour appliquer les ensembles de données génomiques aux plans amélioration des cultures .
- Créer et enseigner un programme multilingue sur les fonctionnalités de TASSEL 6 dans l'environnement R aux centres d'innovation.
