Institutos nacionales de investigación agrícola
Universidad Quisqueya e Institut Sénégalais de Récherches Agricoles (ISRA), Instituto Nacional de Innovación y Transferencia en Tecnología Agropecuaria (INTA)
Cultivos de interés
Sorgo
Zona objetivo
Genómica
Ubicación
Senegal, Costa Rica
Duración del proyecto
2022-2023
El análisis, la traducción y la aplicación de los macrodatos son cruciales para que el avance de mejoramiento de cultivos logre las ganancias genéticas necesarias para alcanzar los objetivos económicos, de resiliencia y de nutrición de la Estrategia Global seguridad alimentaria . A pesar de esto, las aplicaciones desarrolladas específicamente para los usuarios finales en los NARI para incorporar genómica en los procesos de mejora genética han sido limitadas. Muchos NARIs están limitados por la capacidad de procesamiento de datos, que puede ser superada mediante el uso de aplicaciones basadas en servidores, y la formación en las habilidades bioinformáticas necesarias para analizar y aplicar los datos resultantes de las nuevas plataformas de genotipado.
En este proyecto, los investigadores de carrera temprana de CACCIA (Costa Rica) y CIWA (Senegal) trabajan junto a los desarrolladores de software del ILCI con sede en la Universidad de Cornell para crear una versión actualizada, basada en servidor, compatible con BrAPI y basada en R de TASSEL (TASSEL 6, rTASSEL) que incorpore datos de actividad alélica genérica. Estos investigadores se convertirán en usuarios competentes de R, a la vez que guiarán a los programadores del ILCI en las formas de desarrollo de aplicaciones necesarias para sus programas. De este modo, el CACCIA y el CIWA se sitúan a la vanguardia de la innovación en investigación, tecnología y desarrollo de software que impulsará la productividad y la transformación agrícola en sus propios países. El enfoque tiene el doble objetivo de desarrollar aplicaciones eficaces y aplicables basadas en servidores y R, al tiempo que se forma a los científicos que inician su carrera y se establece una gran capacidad de procesamiento de datos en el CACCIA y el CIWA.
Los objetivos del proyecto son:
- Evaluar la actividad de los alelos genéticos en el contexto del descubrimiento y la cría para mejorar la predicción genómica.
- Desarrollar herramientas basadas en servidores para la bioinformática aplicada en los programas de cría de los INIAs, incluyendo una versión actualizada de TASSEL (TASSEL 6) compatible con los datos BrAPI y RStudio.
- Formar a los científicos que inician su carrera en el CACCIA y el CIWA en materia de bioinformática para aplicar los conjuntos de datos genómicos a los planes de mejoramiento de cultivos .
- Crear e impartir un plan de estudios multilingüe sobre las características de TASSEL 6 en el entorno R a los Centros de Innovación.
