Atelier en ligne

Introduction à JupyterHub

À propos du cours

L'atelier JupyterHub organisé par Feed the Future Laboratoire d'Innovation pour l'Amélioration des Cultures initie les débutants à l'utilisation d'un environnement de codage et de documentation interactif basé sur le cloud pour les projets d'analyse de données. Cette page est un hub statique qui fournit la documentation de cet atelier en tant que ressource ou pour les personnes qui ont manqué les sessions en direct. Notre objectif est de fournir aux chercheurs de sélection végétale disciplines les compétences nécessaires pour utiliser R dans JupyterHub.

Session 1 : Démarrage

Sujets : Connexion, navigation dans les répertoires, création d'un répertoire, création d'un carnet de notes, cellules de carnet de notes, syntaxe Markdown.

Ressource d'apprentissage : Plus de syntaxe Markdown

Session 2 : Utilisation de Base R dans Jupyter Notebooks

Sujets : Utilisation de R dans un Jupyter Notebook et introduction au codage de base de R, y compris les fonctions de base, la lecture des données, la manipulation des données, la génération de statistiques sommaires, le traçage et la visualisation des données.

Les bases du R Partie 1 13:03

Exercices de la session 2.1

Les bases de R, partie 2 11:38

Exercices de la session 2.2

Session 3 : Plus de bases sur R et l'importation, l'exportation, et le partage

Sujets : Manipulation de données dans R, paquets R, importation et exportation de données et de figures, partage de carnets de notes

Les bases de R, partie 3 25:31

Exercices de la session 3.1

Importer et exporter dans Jupyter 24:51

Exercices de la session 3.2

Animateurs de cours

Bethany Econopouly

International Applied génomique Lead

Brandon Monier

Postdoc, génomique

Terry Casstevens

Analyste-programmeur, génomique

Francisco Francisco Agosto-Perez

Développeur de logiciels, technologie de sélection des plantes

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Interopérabilité des logiciels sur le JupyterHub de l'ILCI

Découvrez les logiciels disponibles dans le JupyterHub de l'ILCI et comment il est possible d'accéder directement à des données volumineuses pour effectuer des calculs sans avoir à télécharger et à envoyer ces gros fichiers.

Génétique quantitative

Apprendre les concepts de base de la génétique quantitative et les méthodes statistiques de base pour l'analyse des données génétiques en mettant l'accent sur la sélection génomique.

GoHy

En savoir plus sur la méthode scientifique appliquée par hypothèse et orientée vers un objectif.