Taller en línea

Interoperabilidad de software en el JupyterHub del ILCI

Sobre el curso

El taller, Software Interoperability on the ILCI JupyterHub, se basa en los conocimientos adquiridos en el taller anterior, Introduction to the ILCI JupyterHub. En la sesión 1, se introducen TASSEL y rTASSEL con una demostración de rTASSEL en JupyterHub para análisis genómicos. En la sesión 2, el enfoque en la interoperabilidad del software continúa con instrucciones sobre cómo mover objetos entre rTASSEL y R y utilizar llamadas BrAPI para acceder a grandes archivos de datos a través de bases de datos comunes, como BMS y GIGWA. La predicción genómica se realiza utilizando tanto rTASSEL como el paquete sommer de R para demostrar el poder de la interoperabilidad de software en el JupyterHub.

El objetivo de este taller es presentar a los usuarios los programas de software disponibles en el JupyterHub del ILCI y cómo se puede acceder directamente a los big data en el JupyterHub para realizar cálculos sin necesidad de descargar y cargar estos archivos de gran tamaño.

Sesión 1: Introducción a rTASSEL

Temas: Lectura de datos fenotípicos y genotípicos en rTASSEL; coacción para convertir objetos rTASSEL en objetos nativos de R; PCA, filogenia, diversidad de secuencias y análisis de asociación.

Cuaderno: Introducción a rTASSEL

Sesión 2: Interoperabilidad del software en el Hub

Temas: Filtrado de datos en rTASSEL; matrices de parentesco en rTASSEL; recuperación de datos de BMS y GIGWA mediante QBMS (demostración); predicción genómica mediante rTASSEL y sommer.

Facilitadores del curso

Bethany Econopouly

Responsable de genómica internacional & aplicada

Brandon Monier

Postdoc, genómica

Terry Casstevens

Analista programador, genómica

Francisco Francisco Agosto-Pérez

Desarrollador de software, tecnología de fitomejoramiento

Más formación en la Laboratorio de Innovación para el Mejoramiento de Cultivos